La primera cédula de creación de la Real y Pontificia Universidad de México fue firmada en 1547, conforme a las constituciones de la Universidad de Salamanca; el virrey Antonio de Mendoza crea la segunda y definitiva se da a conocer en 1551. El siglo XVI es en la educación superior de la colonia un periodo de actividad fecunda al cubrir la demanda personal capacitado para labores administrativas de organización y control, emanadas de las actividades eclesiásticas y del virreinato mismo. Los colegios Universitarios se fundan a partir de 1573 con el propósito de cumplir este objetivo funcional; dividiéndose estos en tres tipos de Instituciones de acuerdo a las finalidades propias de la Enseñanza: El Colegio de Comendadores de San Ramón Nonato, responsable de la formación de los futuros funcionarios aptos para ayudar a gobernar. En los seminarios se formaran los criollos que se distinguirán como profesores y clérigos, el Colegio Mayor de Santa María de Todos los Santos, muy elitista para la selección de sus alumnos.
Durante el Imperio de Agustín de Iturbide, se fundan las escuelas lancasterianas. El instituto de ciencias y artes es fundado en Oaxaca en 1826, como resultado de las normas educativas fijadas en la constitución. En la época de Gómez Farias se pone en acción los proyectos constitucionales de 1824, en favor del sistema público de educación, define su actividad política como el gran promotor de la Instrucción popular del México Independiente, así el Estado y no el clero seria el responsable de las nuevas decisiones en materia educativa. La enseñanza superior se distribuiría en seis establecimientos descentralizados del ámbito Universitario: 1) el de estudios preparatorios, 2) el de estudios ideológicos y humanidades; 3) el de ciencias físicas y matemáticas; 4) el de ciencias medicas; 5) el de jurisprudencia; 6) el de ciencias eclesiásticas. Se organizo además, la Biblioteca Nacional y otras instituciones educativas; también para estas fechas la política educativa denotaba cierta flexibilidad para que cada Estado de la república ajustase los criterios legislativos locales y sus recursos disponibles a la educación publica respectiva, esta medida traería como consecuencia una enfática diferencia entre los servicios educativos mas favorecidos por el desarrollo.
Como un elemento de transición entre el agonizante pasado colonial y la recién lograda Independencia, encontramos en primera fila a don José Joaquín Fernández de Lizardi, activo intelectual que se dedicó al periodismo, la administración pública y la novela bajo el mismo común denominador: la crítica del antiguo régimen, sus instituciones y las formas de educación y socialización que permitían destacar no a los más capaces, sino a los más cínicos, relegando a los profesores, a la última clase de la sociedad. Su obra más importante “El periquito Sarniento”.
La Escuela Nacional Preparatoria inició sus labores el 1o. de febrero de 1868 en el edificio del Antiguo Colegio de San Ildefonso; su currícula se caracterizó desde un principio tanto por el enciclopedismo como por su estricto apego al método científico, como un medio para superar disputas estériles y conflictos de carácter religioso, que tantos muertos habían ya generado desde que empezó la lucha por la Independencia y aún antes. La pedagogía positivista y sus promotores, consideraban que era necesario enseñar los métodos de experimentación y deducción a los mexicanos para que dejaran de explicarse mágicamente el universo y la vida social. El hombre debía usar la inteligencia para descubrir, mediante el método científico, las leyes generales del mundo. Augusto Comte aporto con su clasificación de las ciencias al jerarquizar a éstas en un orden lógico que va de las más abstractas a las más concretas y complejas, empezando por las Matemáticas y terminando en la Sociología.
